關于PCR實驗有哪些影響因素呢?我們一般想到的可能是獲取的DNA/RNA質量、反轉錄的效率、引物的特異性乃至DNA聚合酶的保真度、擴增長度等問題,但很少有人會想到耗材的選擇,可能也會影響您的實驗結果。
銀杏(學名:Ginkgo biloba L.)為銀杏科、銀杏屬落葉喬木。因其已存在數萬年之久,也被稱為生物界的“活化石”。
關于其基因組的測序和信息分析,早在兩年前就由華大基因、浙江大學和中國科學院的科學家團隊共同合作完成。后續功能的驗證主要包括PCR檢測、ChIP、IP、IHC、IF、FISH等手段。而其中就簡單的方式就是PCR驗證,那關于PCR實驗有哪些影響因素呢?
我們一般想到的可能是獲取的DNA/RNA質量、反轉錄的效率、引物的特異性乃至DNA聚合酶的保真度、擴增長度等問題,但很少有人會想到耗材的選擇,可能也會影響您的實驗結果。那么關于PCR實驗耗材我們改如何選擇呢?
首先需要明確的是我們做的是哪種PCR實驗。根據檢測方法的不同,PCR實驗分為普通PCR法和熒光定量PCR法,前者一般是終點PCR跑膠法測定,所以在選擇耗材時需要關注的主要是耗材本身的導熱性和密封性;而后者是實時檢測熒光信號,除了導熱性和密封性外,對透光性和避光性也有所要求。換句話而言,可以做熒光定量PCR的耗材一定可以來做普通PCR,反之,效果卻會差很多!
確定好了實驗類型,我們就可以選擇耗材了,如前面所述,我們知道了密封性、導熱性、透光性、避光性等因素是我們需要關注的,那為什么要關注這些呢?
一、密封性
密封性越好,產物的揮發越少,得到的產物就越多同時氣溶膠的產生也越少,對于下一輪實驗的污染也就越少,也就意味著假陽性的產生率越低。
二、導熱性
導熱性越好越均一,PCR的速度就越快,準確度也越高。
三、透光性
這主要是對于熒光定量而言,我們知道它是一種實時定量的方式,那么耗材本身的透光性就直接關系到我們檢測到的熒光信號多少,如果選擇耗材透光性不足,本該檢測到的信號檢測不到,那就會造成我們對結果的誤判。
四、避光性
這也是針對熒光定量而言的,同上面的因素,如果我們在整個實驗過程中沒注意避光,帶有熒光的試劑過度被消耗,那最直接就會影響我們實驗的擴增效率,導致不準確的結果產生。
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